Pulire e lavare le vongole sotto l'acqua corrente fredda. Riscaldare 3 cucchiai d'olio in un tegame capiente e farvi rosolare gli scalogni, l'aglio ed il timo a fiamma moderata mescolando spesso. Versare il vino, far svaporare per qualche secondo e aggiungere le vongole. Coprire e far cuocere per circa 5 minuti fino a che le vongole non si saranno aperte tutte (eliminare quelle chiuse). Scolare le vongole e versare il brodo di cottura in una scodella. Sgusciare 2/3 delle vongole e mettere da parte le vongole intere. Riscaldare 2 cucchiai d'olio in un tegame capiente e farvi rosolare i peperoni insieme ai pomodori per qualche minuto mescolando per poi aggiungere il brodo delle vongole e quello di pesce. Portare ad ebollizione e far cuocere per circa 3-4 minuti a fiamma lenta. Nel frattempo cuocere la pasta in abbondante acqua e sale. Quindi scolarla e aggiungerla nel tegame con le vongole sgusciate e quelle intere. Mescolare bene, insaporire con il basilico, aggiustare di sale e pepe e servire subito.